Episodio RR
L'Episodio RR è una missione successiva alla prima vittoria nella Lega di Alola del giocatore in Pokémon Ultrasole e Ultraluna. L'episodio gira intorno all'apparizione ed alla presa del potere da parte degli antagonisti dei giochi precedenti ritornati come un unico team unito, il Team Rainbow Rocket, intenti nel piano di utilizzare la tecnologia degli Ultravarchi sviluppata dalla Fondazione Æther al fine di controllare altri mondi.
Trama
Dopo una breve ricerca di BlacephalonUs/StakatakaUl, il giocatore fa una pausa a casa sua. Improvvisamente arriva Chrys, dicendo che qualcuno ha preso il controllo del Festiplaza, così lui ed il giocatore vi si teletrasportano immediatamente.
All'arrivo, il giocatore scopre che il castello ora sfoggia un design più sinistro adornato di schermi, ognuno dei quali trasmette una lettera "R" su uno sfondo dai colori dell'arcobaleno. Chrys spiega che qualcuno deve aver hackerato il Festiplaza e sia lui che il giocatore si precipitano all'interno del castello, trovando un gruppo di Reclute del Team Rainbow Rocket, una delle quali proclama che il castello ora appartiene a loro. Chrys accede alle configurazioni del Festiplaza e realizza che questo è stato aggiornato in modo tale che nessuno possa usare i propri Pokémon al suo interno. Mentre Chrys si chiede come fare per affrontare gli intrusi, una delle reclute inavvertitamente suggerisce al giocatore che è possibile lottare contro di loro usando i Pokémon di altre persone nell'Agenzia Lotta, che Chrys riesce ad attivare nonostante i suoi privilegi di amministratore siano stati degradati dagli hacker. Mentre il giocatore sfida una Recluta del Team Rainbow Rocket nell'Agenzia Lotta, Chrys riesce ad accedere alla programmazione del Festiplaza e a recuperare i suoi privilegi di amministratore. Al suo ritorno, le reclute circondano sia Chrys che il giocatore, con una di loro che prova addirittura ad assalire fisicamente il giocatore, ma Chrys riesce a bannarli dal Festiplaza, teletrasportandoli fuori istantaneamente. Il castello, tuttavia, mantiene il suo nuovo design.
Dopo essere tornati nel mondo reale, Chrys ringrazia il giocatore e se ne va. La mamma del giocatore poi gli fa vedere che il suo Meowth ha imparato ad accendere la tv, quindi il giocatore guarda un'intervista di Samina all'Æther Paradise.
In tv, Samina approfondisce gli eventi recenti accaduti nell'Isola di Poni che avevano a che fare con Necrozma ed assicura a tutti che l'incidente è stato affrontato. Durante l'intervista, Ciceria e Vicio si trovano dietro di lei e quest'ultimo si defila silenziosamente. All'improvviso un Ultravarco appare nel cielo, il cameraman viene spinto da una Recluta del Team Rainbow Rocket e fa cadere la telecamera. Arriva una figura misteriosa che dice che gli studi e le tecnologie alle quali si sta lavorando all'Æther Paradise saranno molto utili per il Team Rainbow Rocket.
Episodio RR
Fa il suo arrivo Lylia e chiede al giocatore di recarsi insieme a lei all'Æther Paradise, allarmata e confusa dal servizio televisivo. Dopo essere arrivati là, s'incontrano con Ciceria, la quale dice loro che il Team Rainbow Rocket ha preso possesso dell'Æther Paradise per ragioni sconosciute e ha preso in ostaggio Samina; si ricorda inoltre di aver sentito parlare una volta di un team con un nome simile, il Team Rocket, durante uno dei suoi viaggi a Kanto. Il giocatore e Lylia s'imbattono in un gruppo di reclute sulla strada verso la villa e si scopre che Lylia è diventata una vera e propria Allenatrice ed è in possesso di un Clefairy. Dopo aver affrontato le reclute, scoprono che la villa di Samina non c'è più e che al suo posto c'è la sua versione corrotta, il Castello Team Rocket. Qui sono accolti da Vicio, il quale rivela di aver venduto l'Æther Paradise al Team Rainbow Rocket al fine di fare ulteriormente carriera, facendo infuriare Lylia. Ne risulta una lotta e Vicio si arrenderà lasciando entrare la coppia nel castello. Lylia entra nella stanza di Samina, ora colorata di rosso, e realizza che hanno bisogno di usare il teletrasportatore nascosto al suo interno, ma la porta dalla quale vi si accede è bloccata. Mentre escono dalla stanza, altre due reclute li sfidano ad una lotta ma un altro alleato appare all'improvviso e dà una mano a sconfiggere le reclute: nient'altri che Guzman.
Le reclute si ritirano e nel farlo lasciano aprire due porte. Lylia rimane dietro mentre il giocatore esplora il primo piano del castello, incontrando sempre più reclute ed infine imbattendosi in Max e Ivan, che occupano gli uffici ai lati opposti del piano. Entrambi rivelano di essere venuti da mondi in cui sono riusciti a raggiungere il loro obiettivo di usare, rispettivamente, Groudon per espandere la terraferma e Kyogre per espandere i mari e di essere stati teletrasportati in questo mondo subito dopo averlo fatto. Il giocatore lotta contro di loro, facendo così aprire le porte per il secondo piano del castello, e fa ritorno nell'atrio, dove vede Guzman che trattiene facilmente due reclute. Le reclute rivelano che per aprire la porta e attivare il teletrasporto nella stanza di Samina il giocatore deve recarsi al secondo piano. In quel momento arrivano Max e Ivan, sorpresi di vedersi l'un l'altro. Pur realizzando di provenire da mondi diversi, cominciano a discutere, per poi all'improvviso svanire nel nulla.
Il giocatore esplora il secondo piano, dove altre reclute stanno di guardia e in cui si nascondono altri due capi di team malvagi.
Il giocatore incontra Cyrus, il quale gli chiede se questo mondo nel quale si è ritrovato è il mondo senza spirito che ha sempre agognato. Il giocatore e Rotom gli provano il contrario. Dopo una lotta, Cyrus ammette la sua sconfitta ed aiuta il giocatore ad uscire, affermando che vuole soltanto fare ritorno al mondo senza spirito che era appena riuscito a creare.
Il giocatore incontra Elisio, che gli racconta dell'arma suprema che ha creato ed usato nel suo mondo e mostra due pulsanti sulla parete, uno dei quali attiverà l'arma suprema in questo mondo. Offre al giocatore la possibilità di salvare il mondo o di eliminarlo premendone uno, ma qualsiasi pulsante il giocatore preme, l'arma suprema comincia a caricarsi e può essere arrestata soltanto premendo l'altro pulsante. Elisio sfida il giocatore per non permettergli di farlo e viene sconfitto.
Dopo che il giocatore usa una key-card nell'ufficio di Cyrus e preme entrambi i pulsanti nell'ufficio di Elisio, la porta nella stanza di Samina si apre ed il teletrasporto si attiva. Mentre il giocatore e Lylia si preparano ad entrarvi, ne esce all'improvviso Ghecis. Egli dice di essere stato convocato in questo mondo per separare le persone dai Pokémon e che sta pianificando di usare il capo del Team Rainbow Rocket per raggiungere i suoi obiettivi. Ha inizio una lotta e Ghecis perde. Si dispera, scaglia Lylia a terra e minaccia di ucciderla se il giocatore non si libera dei propri Pokémon all'istante.
Il giocatore esita e Acromio fa la sua comparsa improvvisa, dopo averlo seguito rimanendo per tutto il tempo invisibile grazie alle sue invenzioni e dopo aver rispedito nei loro mondi i precedenti capi dei team malvagi. Nonostante sia a conoscenza che questo Ghecis non è quello del suo mondo, Acromio lo rimprovera e lo teletrasporta via. Egli spiega al giocatore e a Lylia che quello che è successo al maniero di Samina è il prodotto di molteplici dimensioni in esso convergenti e che può sistemarlo, ma solo dopo che il giocatore sconfiggerà il boss del team malvagio.
Lylia e il giocatore usano il teletrasporto e vengono accolti dalla mente che ha pianificato l'invasione, Giovanni. Lylia vede inoltre Samina senza sensi e, stando a quanto dice Giovanni, vittima di un lavaggio del cervello causato dalle tossine di un'Ultracreatura. Il giocatore affronta e sconfigge Giovanni, che si ritira con calma, ma non prima di aver promesso al giocatore che si incontreranno di nuovo. All'improvviso, il giocatore e Lylia si ritrovano nella sala dei trofei di Samina, il castello tornato alla normalità. Samina si sveglia tremante ma ancora in sé e Guzman e Acromio si uniscono a loro. Nel mezzo delle celebrazioni per la vittoria contro il Team Rainbow Rocket, Vicio appare dalle retrovie e tenta di adulare Samina, ma quasi subito ammette per errore di averla tradita e se ne va furioso.
La situazione è salva e Vicio viene retrocesso ad assistente. Guardando la vita all'Æther Paradise tornare alla normalità, Giovanni si chiede in quali altri mondi potrebbe attuare i suoi piani, per poi teletrasportarsi via da solo.
Lotte principali
Lotta Multipla con Lylia
Vicio e Dipendente Fondazione Æther
Lotta Multipla con Guzman
Ivan (Team Idro)
Elisio usa una Ricarica totale.
Max (Team Magma)
Max usa una Ricarica totale.
Cyrus (Team Galassia)
Ultrasole
Ultraluna
Elisio (Team Flare)
Elisio usa una Ricarica totale.
Ultrasole
Ultraluna
Ghecis (Team Plasma)
Ghecis utilizza due Ricariche totali.
Ultrasole
Ultraluna
Giovanni (Team Rainbow Rocket)
Giovanni usa due Ricariche totali.
Ultrasole
Ultraluna
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